Doğu Türkistan. Altay dağı, Tanrıdağı ve Karanlık gibi yüksek sıradağlara sahip olsa da iç ve doğu tarafı kum çölüyle kaplıdır. Tarım deryası, İli, İrtiş, Manas, Ulungur, Karaşeher başta gelen nehirlerdir. İki büyük gölü Sayram ile Buğda’dır. Buradaki Taklamakan çölü yaklaşık 500.000 km2’dir. Kazakistan, Kırgızistan, Tacikistan cumhuriyetleriyle Pakistan, Hindistan, Keşmir, Tibet, Moğolistan ve Çin ülkelerine komşudur. Tarihî İpek yolunun önemli bir kısmı günümüzde yenilenmiştir. Kâşgar, Hoten, Yarkent, Aksu, Kuça ve Üç-Turfan Altı Şehir diye anılan şehir ve bölgeleri tarihî öneme sahiptir. Burası Hun Türkleri ve Büyük Göktürk İmparatorluğu’nun da hudutları dahilinde yer alıyordu. Göktürkler’in içindeki Uygurlar 744’te Orhon nehri kıyısında Ordubalık şehrinde müstakil bir devlet kurdular. Bu devlet 840’ta Kırgızlar tarafından yıkıldı. On üç Uygur boyu Karabalasagun civarında yenildikten sonra Kâşgar, Beşbalık, Tanrıdağı’nın güneyi, Kuça ve Hoten bölgesine göç etti. Turfan merkez olmak üzere yeni bir Uygur Devleti kuruldu. 856’da Mengli Kağan, Alp Kutluğ Bilge unvanıyla tahta çıktı. Bu devlet yaklaşık üç buçuk asır yaşadı ve XIII. yüzyılın başlarında Moğol istilâsı ile ortadan kalktı.
840’ta kurulup 1212’de Hârizmşahlar’ın darbesiyle varlığını kaybeden Karahanlılar, İslâmiyet’ten sonra önemli bölümü Doğu Türkistan’da olan ilk büyük Türk devletidir. Doğu Türkistan, Karahıtay Devleti’ne son veren Cengiz Han’a bağlandı. Ardından Çağatay Hanlığı’nın topraklarına dahil edildi. Timur 1365’te Batı Türkistan’da hâkimiyet kurunca Doğu Türkistan’daki Çağatay hânedanından gelen küçük hanları himayesi altına aldı. Timur Devleti’nin zayıflaması üzerine Çağataylılar yeniden mücadeleye başladı. Burası II. İsen Buka’dan sonra tahta geçen Yûnus ve oğlu Ahmed tarafından idare edildi. Ahmed Han (1487-1514), o sırada Bâbür’ü yenilgiye uğratıp Batı Türkistan’a hâkim olan Şeybânî Han’ın üstünlüğünü kabul etti. Onun 1514’te ölümüyle yerine geçen Seyyid Han zamanı (1514-1533) Doğu Türkistan’da Çağataylılar neslinin son parlak dönemini teşkil etti. Bâbür’ün dayısı Ahmed Alca Han’ın oğlu Seyyid Han, Bâbür ile iş birliği yaparak Kâşgar, Yarkent, Hoten şehirlerini ele geçirdi ve Seidiye (Seyyidiyye) Hanlığı’nı kurdu. Devletini güçlendirmek amacıyla birtakım ıslahat girişimlerinde bulundu. Başşehir önce Kâşgar, ardından Yarkent idi. Bundan dolayı devlet Yarkent Hanlığı veya kurucusunun adıyla Seidiye Hanlığı diye bilinmektedir. Hanlık üzerinde kuruluşundan itibaren hocaların etkisi vardı. Zira mânevî havasına tasavvuf hâkim olduğu için hanların ve devlet adamlarının askerî ve siyasî fikirleri sınırlı kaldı. Siyasal gelişmeleri takip edemediklerinden Seidiye Hanlığı komşuları ile rekabet edemedi.
Seyyid Han’ın yerini alan oğlu Reşîdî Han huzur dönemini devam ettiremedi. Ortaya çıkan en büyük problem, ülkenin Uyguristan olarak bilinen doğu vilâyetleriyle Altışehir olarak bilinen batı vilâyetleri arasındaki rekabetin büyümesiydi. Moğolistan’da hâkimiyeti ellerine geçirerek hem Çin hem Doğu Türkistan yönünde ilerlemek isteyen Kalmuklar (Jungarlar) sık sık Doğu Türkistan’ın doğu vilâyetlerine akınlar yapmaya başladılar. Reşîdî Han’ın 1559’da ölümü üzerine on üç oğlundan biri olan Abdülkerim Han (1559-1591) kardeşlerinin desteğiyle tahta çıktı. Abdülkerim Han, ülkenin yeniden şehir devletleri haline gelmesine ve birbiriyle uğraşarak memleketin ve halkın zarar görmesine mani olamadı. Ülkesinin bütünlüğünü sağlama ümidiyle Batı Türkistan’da yetişmiş büyük din âlimlerinden Mahdûm-ı A‘zam’ın oğullarından Hoca İshak Velî’yi Doğu Türkistan’a davet etti. Hoca İshak Velî şehir şehir, kasaba kasaba bütün Doğu Türkistan’ı dolaşıp müslümanların birlik olması gerektiğini anlatmaya çalıştı ve bunda başarı gösterdi. Ülkenin doğu vilâyetlerinin hâkimi olan Abdüllatif Han’ın Mahmûd-ı A‘zam’ın oğlu Hoca Kalan’ı (Muhammed Emin) Yarkent’e davet etmesi Doğu Türkistan’ın kaderine etki edecek olayların gelişmesine yol açtı. Hoca İshak Velî’nin evlâtları İshâkıyye ve Karatağlık, kardeşi Hoca Kalan’ın evlâtları Âfâkıyye ve Aktağlık adıyla ayrı görüşleri savunan iki gruba ayrıldı ve birbiriyle kıyasıya mücadeleye girdi. Bu döneme (1678-1755) “Hocalar devri” denir. Ardından ülkenin doğu vilâyetleriyle batı vilâyetleri arasındaki gerginlik daha da arttı. Çıkan çatışmalar Abdürrahim Han zamanında Kalmuklar’ın devreye girmesine yol açtı. Abdürrahim Han’ın Kalmuklu eşinden doğan oğlu Abdullah ileride Doğu Türkistan’a son parlak devrini yaşatacaktır.
XVIII. yüzyılda Doğu Türkistan’ın Hami ve Turfan kasabalarını ele geçiren Çinliler 1754’te Kalmuklar’ı yenince 1759’da tam bir karışıklık içindeki Kâşgar ve civarını işgal ettiler. 1760’lı yıllarda Kazaklar’ın Orta ve Küçük cüzleriyle Hokand hanları da Çin’in üstünlüğünü kabul etmek zorunda kaldılar. 1826’da Sâlih Hoca’nın oğlu Cihangir, Kırgızlar’ın yardımıyla Kâşgar’ı geri aldıysa da iki yıl sonra esir düşüp Pekin’e götürülerek idam edildi. Çin istilâsına karşı 1829 ve 1830’da bazı başarılı hareketler gerçekleştirildi. 1831’de Madali diye tanınan Mehmed Ali Han Kâşgar, Yarkent, Hoten ve Aksu’yu, 1846 ve 1854’te Muhammed Emin (Katta Tora) Kâşgar’ı iki defa kurtardıysa da Çinliler tamamen uzaklaştırılamadı. 1862’de patlak veren Döngen (Çinli müslüman) isyanı Cungarya’ya yayılınca Kâşgar için bir fırsat doğdu. Kırgız kumandanı Sâdık Bey Kâşgar’a girdi ve şehri Cihangir’in oğlu Büzürg’e teslim etti. Çimkent’i Ruslar’a karşı savunan Muhammed Yâkub Bey Kâşgar’a gelince durum değişti. Büzürg Han’la birlikte Çin kuvvetlerini yenerek Kâşgar ve Yarkend’i, arkasından bütün şehirleri aldılar. Yâkub Han 1868’de Turfan’ı ele geçirmeyi başardı. Ancak Ruslar’ın duruma müdahale etmesi üzerine her iki taraf elçi teâtisinde bulundu. İngilizler de Doğu Türkistan’a elçiler yolladı. Ruslar’la 1872’de, İngilizler’le 1873’te antlaşmalar imzalandı. İstanbul’a da Yâkub Han Tora adlı bir elçi gönderildi. Osmanlı Devleti toplardan ve tüfeklerden oluşan askerî yardımla beraber bazı subayları ve bir heyeti Murad Efendi başkanlığında gönderdi. Heyet Kâşgar’a varınca 100 pâre top atışıyla karşılandı ve hutbe Sultan Abdülaziz adına okutulmaya başlandı. Ancak Çinliler, uğradıkları ağır yenilgilerin intikamını almak ve Doğu Türkistan’ı yeniden istilâ etmek için Ruslar’ın da yardımıyla harekete geçtiler. 17 Ağustos 1876’da Urumçi üzerinden ilerlemeye başladılar. Yâkub Han’ın ölümünden sonra oğulları ve ileri gelen beyler arasındaki çekişme Çinliler’in işine yaradı. Beg Kulı iç sükûneti sağlasa da çaresizlik içinde Ruslar’a sığındı. Çinliler Aralık 1877’de Kâşgar dahil bütün Doğu Türkistan’ı işgal ettiklerini bildirdiler. 1882’de Doğu Türkistan’ın adını Hsin-chiang (Xin-jiang) (yeni ele geçirilmiş toprak) olarak değiştirdiler. 1884’te Doğu Türkistan (Sinkiang/Sincan) vilâyetini kurdular (bk. KÂŞGAR).
1932’de Niyaz Hacı ve Sâlih Darga liderliğindeki ayaklanma Musul Maksut, Mahmud Muhiti, Hâfız Beg, Mehmed Emin Buğra, Sâbit Dâmolla, Osman Beg, Şeref Han Töre gibi liderlerin de katılımıyla bütün Doğu Türkistan’a yayıldı. İli vilâyeti ve Urumçi’ye bağlı birkaç kaza dışında bütün Doğu Türkistan kurtarıldı ve Kâşgar’da Şarkî Türkistan Cumhuriyeti ilân edildi (Kasım 1933). Cumhurbaşkanlığına Hoca Niyaz Hacı seçildi, hükümet Sâbit Dâmolla tarafından kuruldu. Çinli müslüman General Ma Chung-yen, Doğu Türkistan üzerine yürüyünce Sovyetler Birliği müdahale etti. Sovyetler’le çarpışmalarda yenik düşen General Ma 21 Mart 1934’te Kâşgar’a girdi, Doğu Türkistan hükümeti Kâşgar’dan çekildi. Hoten’i Çinliler’den kurtaran Mehmed Emin Buğra da Sovyetler karşısında tutunamadı. Sonunda Sovyetler’in barış teklifini kabul etmek zorunda kaldılar. Anlaşmaya göre bağımsızlık taraftarları idarede kalacak, fakat Çin’den ayrılmayacaklardı. Sovyetler Birliği, 1937 yılına kadar hiçbir yerden yardım alamayan bu Türk cumhuriyetine son verdi. Başta Hoca Niyaz Hacı olmak üzere bağımsızlık taraftarları öldürüldü.
Şarkî Türkistan Cumhuriyeti, Kulca’da (Yining) Çin’e karşı ayaklananlar tarafından yeniden kuruldu (7 Ağustos 1944). 16 Eylül 1944’te Kazaklar isyan ederek 8 Ekim’de Nilka’yı işgal ettiler. 1945 başında Kazaklar, Altay ve Tarbagatay bölgelerini alıp İli’deki isyana katıldılar. Devlet başkanlığına Ali Han Töre, yardımcılığına Kulcalı Hâkimbeg Hoca ve Buğra Han getirildi. Bir süre sonra Ahmed Can Kasımî duruma hâkim oldu. Yeni kurulan orduda 25.000 asker vardı. Kazaklar’dan Osman Batur’un idaresinde ise 20.000 atlı bulunuyordu. Eylül 1945’te Urumçi’ye doğru ilerleyen ordu ile Kuomintang’ın ordusu Manas yakınlarında karşı karşıya geldi. Kuomintang Sovyetler’e başvurunca Ali Han Töre, Sovyetler Birliği’ne kaçırıldı ve herhangi bir çarpışma meydana gelmedi. 1946’da Sovyetler Birliği’nin baskısıyla Şarkî Türkistan Cumhuriyeti ile Hsin-chiang eyalet hükümetleri birleştirildi. Başkanlığa Chang Chih-chung getirildi, Ahmed Can Kasımî yardımcısı oldu. Ancak bu durum uzun sürmedi, Ahmed Can Kasımî kendi bölgesine döndü. 1947’de Mesut Sabri Baykozı’nın başbakanlığını, İsa Yusuf Alptekin’in genel sekreterliğini yaptığı mahallî bir hükümet ilân edildi, fakat bu da uzun ömürlü olmadı. Çin Komünist Partisi, Doğu Türkistan’ı ilhak amacıyla Teng Li-k’un’u görüşme için yolladı. 27 Ağustos 1949 tarihinde Almatı’dan Pekin’e gitmek üzere yola çıkan uçak, içinde Ahmed Can Kasımî, Abdülkerim Abbasov, Delilhan Sugurbayov, İshak Beg Mononov gibi cumhuriyetin önderleri olduğu halde ortadan kayboldu. 20 Ekim 1949’da bu devlet yıkıldı. Aralık ayında Komünist Çin devrimini yapan Çin Kızılordusu tarafından son defa işgal edildi. Doğu Türkistan 1 Ekim 1955’ten beri Çin Halk Cumhuriyeti’ne bağlı olarak Hsin-chiang Otonom Cumhuriyeti (Sinkiang/Sincan Uygur Özerk Bölgesi) adıyla anılmakta ve günümüzdeki geniş Çin topraklarının altıda birini kaplamaktadır.
Türkistan ayrıca bugün Kazakistan’da bulunan Yesi şehrinin adıdır. Şehir Güney Kazakistan eyaletinin merkezi Çimkent’e 156 km. uzaklıktadır. XII. yüzyıldan sonra Yesi adıyla kaynaklarda geçerse de kalıntılarından bir ize rastlanmamıştır. Yezdî’nin (XIV. yüzyıl) Ẓafernâme’sinde adı Türkistan olarak da geçer. Burası Türkler’in İslâmiyet’e geçişini sağlayan Ahmed Yesevî’nin yaşadığı yer olarak ün kazanmıştır. Yeseviyye tarikatının kurucusu Ahmed Yesevî’nin nisbeti Yesi şehrinedir. Özellikle Timur’un 1396’da onun mezarının bulunduğu yerde yaptırdığı türbe sonraki devirlerde şehrin öneminin sürmesini sağlamıştır. Ahmed Yesevî “Hazret-i Türkistan” adıyla anıldığı için şehrin Türkistan adı buna bağlanmaktadır.